القيادي في جيش المهدي , ثم في المجاميع الخاصة ( كتائب حزب الله و عصائب اهل الحق ) والناطق بأسم مقتدى الصدر اثناء معركة النجف منتصف عام 2004 , ومسؤول مكتب الشهيد الصدر في الرصافة .

ينحدر من اسرة وفدت الى الديوانية ( محافظة القادسية ) في الخمسينيات من القرن الماضي , وكان جده شرطياً زمن عبد الكريم قاسم , لبس العمامة بعد ان احيل الى التقاعد , والبس ولديه العمامة متقرباً من المرجع محسن الحكيم .

يتداول النجفيون قصصا عن الخزعلي وابيه وجده بأنهم عملوا جميعاً في خدمة الأجهزة الأمنية منذ زمن عبد الكريم قاسم , وحتى الأحتلال الامريكي للعراق في 2003 , ويذكرون ان قيس كان ضابط امن برتبة نقيب في مديرية شرطة النجف .

كان والده مقرباً من محمد صادق الصدر والد مقتدى الصدر , لكن قربه كان لأجل التجسس عليه , ومع هذا فأن قيس الخزعلي ظهر في النجف بعد الأحتلال وهو من اقرب انصار الصدر , ومثله والده عاشور الخزعلي .

بين عامي 2003 و 2004 كان قيس الخزعلي هو الناطق بأسم مقتدى الصدر وقد برز في معركة النجف كنجم من نجوم الفضائيات لكثرة تصريحاته , ثم عمل مسؤولاً عن مكتب الشهيد الصدر \ فرع الرصافة \ ببغداد .

سرت شائعة منتصف عام 2004 بأن الخزعلي اغتيل على أيدي انصار لمقتدى الصدر , لأتهامه بمحاولة تدبير عملية اغتيال مقتدى .

قاد الخزعلي , وهو من قيادات جيش المهدي , انشقاقاً مع مجموعة من افراد جيش المهدي , وكانوا تحولوا من تقليد اية الله كاظم الحائري الى تقليد اية الله شاهرودي , بعد ان وقف الحائري مرجع الصدريين موقفاً سلبياً من مقتدى الصدر اثناء معركة النجف .

منذ ذلك الحين , ومصادر في التيار الصدري تتحدث عن جماعات متطرفة انشقت عن جيش المهدي , وهي تعمل بأوامر ايرانية مباشرة وقد اطلق الامريكان اسم ( المجاميع الخاصة ) على تلك الجماعات التي تمثل فرق موت في جيش المهدي , وقد درج الامريكان على اتهام هذه الجماعات دون سواها بالمسؤولية عن اعمال عنف وارهاب , وكانوا – الامريكان – يؤكدون ان هذه الجماعات لا تمتثل لأوامر مقتدى الصدر .

يحسب الخزعلي على الجناح المتطرف الخارج عن ارادة مقتدى الصدر , فيما تعمل كل الاطراف برعاية ودعم من ايران , وكان اعتقال اللبناني علي موسى دقدوق اثناء قيام القوات الامريكية والبريطانية في البصرة بالبحث عن الخزعلي وشقيقه ليث , كشف عن دور القيادي في حزب الله اللبناني عماد مغنية , في تكوين جماعات مسلحة ترتبط بالحرس الثوري الأيراني , وضابط الارتباط بين الجانبين هو علي موسى دقدوق الذي ادلى بأعترافات كاملة , عن المعسكرات التي  يتخذها الحرس الثوري الايراني لتدريب المتطوعين من الشيعة العراقيين على اعمال الاغتيال والتفجير , وعن سياسة الحرس الثوري في الاعتماد على عناصر في حزب الله اللبناني , في تلك العمليات , والتنسيق بين تلك الاطراف ,  وقد ادت اعترافات دقدوق الى كشف الدور الاساس الذي كان يقوم به قيس الخزعلي في العمليات العسكرية .

في اذار 2007 اعتقل قيس الخزعلي وشقيقه ليث وافراد اخرون في البصرة بتهمة تدبير عملية كربلاء التي جرت في كانون الثاني 2007 وقتل فيها خمسة جنود امريكان , في عملية نوعية كان المشاركون فيها دخلوا مركز التنسيق الأمريكي , وهم يرتدون ملابس عسكرية امريكية ويستقلون عجلات عسكرية امريكية .

بعد اعتقال الخزعلي , اعلنت مجموعة تطلق على نفسها ( كتائب الغضب ) مسؤوليتها عن اختطاف اثنين من اقارب وزير الدفاع السابق ( حازم الشعلان ) مطالبة بأطلاق سراح الخزعلي مقابل اطلاق سراح المختطفين .

وفي عملية اخرى اختطفت مجموعة يرتدي افرادها الملابس العسكرية خمسة بريطانيين من بناية تابعة لوزارة المالية , كان احد البريطانيين هو الخبير في الشؤون المالية ( بيتر مور ) وكان مطلب المختطفين اطلاق سراح الخزعلي ايضاً .

في صفقة على مشارف انتخابات مجالس المحافظات التي جرت نهاية شهر كانون الثاني 2009 , وعد نوري المالكي رئيس الحكومة , التيار الصدري بأنه سوف يصدر امراً بأطلاق سراح قيادين في جيش المهدي معتقلين في سجن ( بوكا  ) في البصرة ما لم يمانع الامريكان , ومن اولئك القيادين قيس الخزعلي وعبد الهادي الدراجي .

وقد عّد ذلك من الدلائل على نية المالكي في اعادة تجميع عناصر قائمة الأئتلاف الشيعي استعداداً للأنتخابات النيابية في نهاية 2009 .

اعلنت مصادر في التيار الصدري ان الامريكان ينوون اطلاق سراح الخزعلي وقادة اخرين في جيش المهدي , وان اولئك المشمولين بأطلاق السراح نقلوا من سجن بوكا في البصرة الى سجن كروبر في بغداد .